Opiekę i nadzór merytoryczny nad programem studiów Mazowieckiego Uniwersytetu Dziecięcego sprawuje Rada Naukowa powołana spośród pracowników naukowych Mazowieckiej Uczelni Publicznej w Płocku.
Honorowy Rektor Mazowieckiego Uniwersytetu Dziecięcego Prof. nadzw. dr hab. n. med. Maciej Słodki - Rektor Mazowieckiej Uczelni Publicznej w Płocku
Skład Rady Naukowej Mazowieckiego Uniwersytetu Dziecięcego
dr Agnieszka Grażul – Luft - Prorektor ds. studenckich i dydaktyki
dr Anna Nowacka - Prorektor ds. nauki i rozwoju
prof. nadzw. dr hab. Michał Nowosielski - Dziekan Wydziału Nauk Humanistycznych i Społecznych
dr Agnieszka Głowala - Prodziekan ds. nauki Wydziału Nauk Humanistycznych i Społecznych
dr Andrzej Kansy - Prodziekan ds. studenckich i dydaktyki Wydziału Nauk Humanistycznych i Społecznych
dr hab. n. med. Mariola Głowacka - Dziekan Wydziału Nauk o Zdrowiu
dr Mariola Szewczyk – Jarocka - Dziekan Wydziału Nauk Ekonomicznych i Informatyki.